El análisis a gran escala de SNP revela patrones agrupados y continuos de variación genética humana

Comprender la distribución de la variación genética humana es una base importante para la investigación en la genética de enfermedades comunes. Algunos de los alelos que modifican el riesgo de enfermedades comunes son, en sí mismos, propensos a ser comunes y, por lo tanto, susceptibles a identificación utilizando métodos de asociación genética. Un problema con este enfoque es que los tamaños de muestra grandes requeridos para el poder estadístico suficiente para detectar alelos con efecto moderado hacen que los estudios de asociación genética sean susceptibles a hallazgos falsos positivos como resultado de la estratificación poblacional. Tales errores de tipo I pueden ser eliminados mediante el uso de pruebas de asociación basadas en familias o métodos que ajusten suficientemente para la estratificación poblacional. Estos métodos requieren la disponibilidad de marcadores genéticos que puedan detectar y, por lo tanto, controlar las fuentes de estratificación genética entre poblaciones. En un esfuerzo por investigar la estratificación poblacional e identificar paneles de marcadores apropiados, hemos analizado 11,555 polimorfismos de un solo nucleótido en 203 individuos de 12 poblaciones humanas diversas. Los individuos en cada población se agrupan excluyendo a los individuos de otras poblaciones utilizando dos métodos de agrupamiento. La ramificación y agrupamiento de orden superior de las poblaciones son consistentes con los orígenes geográficos de las poblaciones y con análisis genéticos previamente publicados. Estos datos proporcionan un recurso valioso para la definición de paneles de marcadores para detectar y controlar la estratificación poblacional en estudios de identificación genética basados en poblaciones. Usando tres poblaciones residentes en EE. UU. (europeo-americana, afroamericana y puertorriqueña), demostramos cómo pueden continuar tales estudios, cuantificando niveles de ascendencia proporcionales y detectando una estructura de mezcla significativa en cada una de estas poblaciones.