Cuantificación totalmente automática de datos de imágenes de microarrays

Los microarrays de ADN se utilizan ahora ampliamente para medir los niveles de expresión y el número de copias de ADN en muestras biológicas. Las proporciones de abundancia relativa de ácidos nucleicos se derivan de imágenes de arreglos regulares de puntos que contienen material genético objetivo al que se hibridan muestras marcadas con fluorescencia. Aunque existen varios métodos en uso para la cuantificación de imágenes, muchos de los sistemas de software en uso requieren o fomentan una interacción humana extensa a nivel de puntos individuales en los arreglos. Presentamos un sistema totalmente automático para la cuantificación de imágenes de microarrays. El sistema localiza automáticamente tanto las cuadrículas de subarreglos como los puntos individuales, sin requerir la identificación de coordenadas de imagen por parte del usuario. Las proporciones se calculan en función de la segmentación explícita de cada punto. En una imagen típica de 6000 puntos, todo el proceso tarda menos de 20 segundos. Presentamos una evaluación cuantitativa del rendimiento en múltiples réplicas de experimentos de hibridación genómica comparativa basados en microarrays de todo el genoma. Al identificar explícitamente los píxeles en cada punto, el sistema proporciona estimaciones más precisas de las proporciones que los sistemas que asumen la circularidad de los puntos. El software, llamado, funciona en plataformas Windows y está disponible de forma gratuita para uso académico.