Modelado eficiente y preciso de las transiciones conformacionales en proteínas: el caso de la quinasa c-Src

El modelado computacional teórico de las grandes transiciones conformacionales que ocurren en las biomoléculas todavía representa un desafío. Aquí presentamos una descripción precisa «in silico» de los mecanismos de activación e inactivación de las quinasas c-Src humanas, un proceso fundamental que regula diversas funciones celulares cruciales. Nuestros resultados muestran claramente que, al aplicar un algoritmo eficiente y automatizado capaz de guiar el muestreo de dinámica molecular (DM) a lo largo de la vía entre los dos estados conformacionales de c-Src —el estado activo y el estado inactivo—, es posible describir con precisión, con costes computacionales reducidos, el mecanismo molecular subyacente a estos grandes reordenamientos conformacionales. Este procedimiento, que combina las simulaciones de DM con el muestreo a lo largo de los movimientos principales bien definidos que conectan los dos estados conformacionales, permite proporcionar una descripción que va mucho más allá de los límites computacionales actuales y es fácilmente aplicable a diferentes sistemas en los que se conocen las estructuras tanto del estado inicial como del final.