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La genómica comparativa a gran escala en conjunto con la proteómica ha fundamentado características esenciales de la evolución celular eucariota. La trayectoria evolutiva de los eucariotas modernos es distinta de la de los procariotas. Los datos de muchas fuentes no proporcionan evidencia directa de que los eucariotas evolucionaron mediante fusión del genoma entre arqueas y bacterias. La genómica comparativa muestra que, bajo ciertos entornos ecológicos, la pérdida de secuencias y la simplificación celular son modos comunes de evolución. La arquitectura subcelular de las células eucariotas es en parte una consecuencia físico-química del hacinamiento molecular; la compartimentación subcelular con proteomas especializados es necesaria para el funcionamiento eficiente de las proteínas.
Kurland et al. (Thu,) estudiaron esta cuestión.