ChromoScope: un navegador gráfico interactivo para datos de E. coli expresados en el modelo de datos NCBI

Se desarrolló un visor gráfico interactivo, ChromoScope, para explorar la visualización científica de datos genómicos complicados. Se seleccionó Escherichia coli como organismo de prueba. Se ha construido un conjunto de datos ASN.1 para todo el cromosoma de E. coli, incluyendo un mapa genético, un mapa físico (de restricción ordenada), la alineación entre los dos mapas, clones de Kohara y algunas características de repeticiones cortas. La secuencia de E. coli se modela como una secuencia segmentada, incorporando tanto la secuencia como los datos del mapa físico. La alineación entre el contig y las secuencias publicadas se almacena como historial de secuencias, permitiendo acceso directo a la misma secuencia en las bases de datos públicas. La alineación se muestra gráficamente, con tanto la alineación de secuencias como anotaciones de características. El visor de alineaciones también admite una visualización de texto detallada, proporcionando información a resolución a nivel de residuo con características anotadas.