Análisis de los Mecanismos que Median los Cambios Específicos de Tumor en la Expresión Génica en Tumores Hepáticos Humanos

Hay un amplio interés en la caracterización eficiente de las diferencias entre muestras tumorales y normales. Aquí, mostramos una metodología efectiva para la caracterización a escala del genoma de tumores. Usando muestras normales y tumorales emparejadas de pacientes con cáncer de hígado, así como tejido hepático normal no relacionado con el cáncer, primero determinamos los cambios en la expresión génica monitoreados en arrays de expresión de ARN. Identificamos varios cientos de ARNm que cambiaron de manera consistente en las muestras tumorales. Para caracterizar los mecanismos responsables de la creación del transcriptoma específico del tumor, realizamos inmunoprecipitación de cromatina en experimentos de microarray para evaluar la unión de ARN polimerasa II, H3me3K27 y H3me3K9, así como la metilación del ADN en 25,000 regiones de promotores. Estos experimentos identificaron cambios en regiones activas y silenciadas del genoma en las células tumorales. Finalmente, utilizamos un método de "hibridación genómica comparativa virtual" para identificar alteraciones en el número de copias en las muestras tumorales. A través de la comparación de la unión de ARN polimerasa II, la estructura de la cromatina, la metilación del ADN y los cambios en el número de copias, sugerimos que el principal contribuyente a la creación del transcriptoma del tumor hepático fueron los cambios en el número de copias de genes.