Sesgo de muestreo y elección de modelo en filogeografía continua: Perdiéndose en un paseo aleatorio

La inferencia filogeográfica permite la reconstrucción de la propagación geográfica pasada de patógenos u organismos vivos al integrar datos genéticos y geográficos. Un modelo popular en la filogeografía continua, con datos de ubicación proporcionados en forma de coordenadas de latitud y longitud, describe la propagación como un movimiento browniano (Filogeografía de Movimiento Browniano, BMP) en un espacio y tiempo continuos, similar a modelos de evolución de rasgos continuos. Aquí, mostramos que las reconstrucciones utilizando este modelo pueden verse fuertemente afectadas por sesgos de muestreo, como la falta de muestreo de ciertas áreas. Como un intento de reducir los efectos del sesgo de muestreo en BMP, consideramos la adición de muestras sin secuencia de áreas con bajo muestreo. Si bien este enfoque alivia los efectos del sesgo de muestreo, en la mayoría de los escenarios no será una opción viable debido a la necesidad de conocimiento previo de la distribución espacial de un brote. Por ello, consideramos un modelo alternativo, el proceso espacial Λ-Fleming-Viot (ΛFV), que ha ganado popularidad recientemente en genética de poblaciones. A pesar de la robustez del ΛFV frente a sesgos de muestreo, encontramos que las diferentes suposiciones de los modelos ΛFV y BMP resultan en diferentes aplicabilidades, ya que el ΛFV es más apropiado para escenarios de propagación endémica, y BMP es más apropiado para brotes recientes o colonizaciones.