Identificación de una firma de expresión génica asociada con enfermedad recurrente en el carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello

Los estudios moleculares del carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (HNSCC) han demostrado múltiples anomalías genéticas, como la activación de varios oncogenes (Ras, Myc, receptor del factor de crecimiento epidérmico y ciclin D1), inactivación de genes supresores de tumores (TP53 y p16), y pérdida de heterocigosidad en numerosos sitios cromosómicos. A pesar de estas observaciones, aún no se han definido biomarcadores precisos y confiables que predigan a los pacientes con mayor riesgo de recurrencia local. Con el fin de identificar firmas de expresión génica que puedan servir como biomarcadores, estudiamos 41 tumores de carcinoma de células escamosas (25 primarios y 16 recurrentes localmente) de varios sitios anatómicos y 13 muestras de biopsia de mucosa oral normal de voluntarios sanos mediante análisis de microarreglo utilizando matrices Affymetrix U133A GeneChip. Se identificaron genes expresados diferencialmente calculando pruebas t generalizadas (P < 0.001) y aplicando una serie de criterios de filtrado para obtener una lista altamente discriminativa de 2890 genes. Se utilizó agrupamiento jerárquico y generación de imágenes mediante software estándar para visualizar firmas de expresión génica. Varias firmas de expresión génica fueron fácilmente identificables en los tumores de HNSCC, incluidas firmas asociadas con proliferación, producción de matriz extracelular, expresión de citoquinas/quimiocinas y respuesta inmunitaria. De particular interés fue la asociación de una firma de expresión génica enriquecida para genes involucrados en la invasión tumoral y la metástasis con pacientes que experimentan enfermedad recurrente localmente. Notablemente, estos tumores también demostraron una marcada ausencia de una firma de respuesta inmunitaria, lo que sugiere que la modulación de las respuestas inmunitarias específicas de tumores puede desempeñar un papel en el fracaso del tratamiento local. Estos datos proporcionan evidencia de un nuevo biomarcador basado en la expresión génica de fracaso del tratamiento local en HNSCC.