De grano grueso a todo átomo: Hacia un análisis multiescalar de paisajes de proteínas

Los métodos multiescala están convirtiéndose cada vez más en una forma prometedora de caracterizar la dinámica de grandes sistemas de proteínas en escalas de tiempo biológicamente relevantes. La suposición subyacente en las simulaciones multiescala es que es posible moverse de manera confiable entre diferentes resoluciones. Presentamos un método que genera eficientemente estructuras de proteínas realistas en todo átomo a partir de las posiciones de los átomos C(alpha), como se obtiene, por ejemplo, de simulaciones extensas de grano grueso. El método, un algoritmo de reconstrucción para estructuras de grano grueso (RACOGS), se valida reconstruyendo conjuntos de estructuras de grano grueso obtenidas durante simulaciones de plegamiento de las proteínas src-SH3 y S6. Los resultados muestran que RACOGS produce consistentemente estructuras de bajo energía y todo átomo. Una comparación de los paisajes de energía libre calculados utilizando las estructuras de grano grueso frente a las estructuras de todo átomo muestra buena correspondencia y poca distorsión en el paisaje de plegamiento de proteínas.