Identificación de péptidos tripsínicos a partir de grandes bases de datos utilizando espectrometría de masas en tándem multiplexada: simulaciones y resultados experimentales

La espectrometría de masas en tándem multiplexada (MS/MS) ha demostrado recientemente ser un medio para aumentar la capacidad de identificación de péptidos en experimentos de espectrometría de masas en cromatografía líquida (LC). En este enfoque, un conjunto de especies parentales se disocia simultáneamente y se mide en un solo espectro (de la misma manera que se estudia convencionalmente un solo ion parental), proporcionando una ganancia en sensibilidad y capacidad proporcional al número de especies que se pueden abordar simultáneamente. En el presente trabajo, simulaciones realizadas utilizando la base de datos de proteínas de Caenorhabditis elegans muestran que los datos de MS/MS multiplexados permiten la identificación de péptidos tripsínicos a partir de mezclas de hasta diez péptidos de un solo conjunto de datos con solo tres fragmentos "y" o "b" por péptido y una precisión de masa de 2.5 a 5 ppm. A este nivel de complejidad de base de datos y datos, el 98% de los 500 péptidos considerados en la simulación fueron identificados correctamente. Esto se compara favorablemente con las tasas obtenidas para la MS/MS clásica con una precisión de medición de masa más modesta. Se presentan datos de MS/MS de Fourier transformado-ion cyclotron resonance multiplexados de LC obtenidos de una muestra de digestión tripsínica de una proteína de 66 kDa (bovina) para ilustrar el enfoque, y confirmar que los péptidos pueden ser efectivamente identificados de la base de datos de C. elegans a la que se había añadido la secuencia de proteína.