La eficiencia del procesamiento del ARN 3' juega un papel primordial en la generación de complejos de elongación competentes para la terminación de ARN polimerasa II.

En varias unidades de transcripción de mamíferos, se ha identificado un mecanismo de terminación de la transcripción en el cual la terminación eficiente depende de la presencia de un sitio de procesamiento de ARN 3' intacto. La unidad de transcripción de beta maj-globina de ratón es un ejemplo de esto, en la que se requiere un sitio de poli(A) intacto para una terminación eficiente de la transcripción. Ahora es evidente que los sitios de procesamiento de ARN 3' no siempre se procesan con la misma eficiencia. En este estudio, caracterizamos varios pre-ARNm como sustratos para la reacción de procesamiento de ARN 3' de escisión y poliadenilación. Luego determinamos si los sitios de poli(A) que varían en eficiencia de procesamiento admiten un evento de terminación dependiente del sitio de poli(A). El nivel de eficiencia de procesamiento se determinó in vitro mediante ensayos que midieron la eficiencia del evento de escisión del pre-ARNm y en vivo por el nivel de expresión de ARNm y producto génico dependiente del sitio de poli(A) generada en ensayos de transfección transitoria. El pre-ARNm de beta maj globina se procesa de manera muy eficiente. Este procesamiento eficiente se correlaciona con su función en los ensayos de terminación utilizando vectores de terminación de adenovirus recombinantes en ensayos de ejecución nuclear. Cuando el sitio de poli(A) de beta maj globina fue reemplazado por el sitio de poli(A) L1 de la unidad de transcripción tardía mayor del adenovirus (Ad-ml), que es un sustrato de procesamiento deficiente, la eficiencia de terminación disminuyó drásticamente. Cuando el sitio de poli(A) de beta maj globina fue reemplazado por el sitio de poli(A) L3 de Ad-ml, que se procesa entre 10 y 20 veces más eficientemente que el sitio de poli(A) L1 de Ad-ml, la eficiencia de terminación se mantuvo alta. Por lo tanto, la terminación depende del rendimiento del evento de procesamiento. Luego, probamos sitios de poli(A) quiméricos que contienen el núcleo L3 AAUAAA pero varían elementos ricos en GU aguas abajo. El cambio en los elementos ricos en GU aguas abajo afectó la eficiencia de procesamiento de una manera que se correlacionó con la eficiencia de terminación. Estos experimentos proporcionan evidencia de que la eficiencia de formación del complejo de procesamiento 3' se correlaciona directamente con la eficiencia de terminación de ARN polimerasa II en el extremo 3' de una unidad de transcripción de mamífero.