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El análisis comparativo de las secuencias de ARN ribosómico de la subunidad pequeña sugiere la existencia de dos nuevas interacciones de orden superior: (i) una estructura de doble hélice que involucra las posiciones 505-507 y 524-526 (numeración de Escherichia coli) y (ii) una interacción entre la región de la posición 130 y la hélice ubicada aproximadamente entre las posiciones 180 y 195. En la primera de estas, una de las hebras de la hélice existe en el lazo de prolapso, y la otra hebra existe en el lazo terminal de una hélice compuesta reconocida anteriormente que involucra las posiciones 500-545. Por lo tanto, la nueva estructura representa formalmente un seudonudo. En la segunda, la inserción/borrado de un nucleótido en las proximidades de la posición 130 se correlaciona con la longitud de la hélice en la región 180-195, siendo esta última de 3 pares de bases de tallo cuando la base en cuestión está borrada y un tallo de aproximadamente 10 pares cuando está insertada.
Woese et al. (Mon,) estudiaron esta cuestión.