PHOG: una base de datos de supergenomas construida a partir de complementos proteómicos

ANTECEDENTES: Los ortólogos y paralelos son términos ampliamente utilizados en la genómica comparativa moderna. Los procedimientos existentes para resolver relaciones ortólogas/paralelas a menudo se basan en la revisión manual de grupos de ortólogos y/o carecen de una base evolutiva rigurosa. DESCRIPCIÓN: Desarrollamos un procedimiento completamente automatizado que crea grupos de ortólogos en cada nodo del árbol taxonómico (PHOGs--Grupos Ortólogos Filogenéticos). Como resultado de este procedimiento, se obtuvo un árbol de grupos ortólogos. Cada grupo es un "supergen" y está representado por una secuencia "ancestral" obtenida de la alineación múltiple de genes ortólogos y paralelos. El procedimiento se ha aplicado al árbol taxonómico de organismos de los tres dominios de la vida. Se utilizaron complementos proteicos de 50 especies bacterianas, arqueales y eucariotas para crear PHOGs en todos los nodos del árbol. Se obtuvieron 51367 PHOGs en el nodo raíz. CONCLUSIÓN: La base de datos PHOG demuestra que es posible procesar automáticamente cualquier número de genomas secuenciados y reconstruir relaciones ortólogas y paralelas entre genomas utilizando un enfoque evolutivo riguroso. Esta base de datos puede convertirse en una herramienta muy útil en varias áreas de la genómica comparativa.