Mapeo del proteoma de los orgánulos de Arabidopsis

Una tarea desafiante en el estudio de la vía secretora es la identificación y localización de nuevas proteínas para aumentar nuestra comprensión de las funciones de diferentes orgánulos. Estudios proteómicos previos del sistema de endomembranas se han visto obstaculizados por proteínas contaminantes, lo que dificulta asignar proteínas a orgánulos. Aquí hemos utilizado la localización de proteínas de orgánulos mediante la técnica de etiquetado isotópico en conjunto con etiquetas isotópicas para cuantificación relativa y absoluta y cromatografía líquida en 2D para la asignación simultánea de proteínas a múltiples compartimentos subcelulares. Con este enfoque, se determinaron las distribuciones de gradiente de densidad de 689 proteínas de Arabidopsis thaliana, lo que permitió la localización confiable y simultánea de 527 proteínas al retículo endoplásmico, aparato de Golgi, membrana vacuolar, membrana plasmática o mitocondrias y plastidios. Este análisis paralelo de los componentes de las endomembranas ha permitido determinar las distribuciones del estado estacionario de las proteínas. Como resultado, se han distinguido residentes genuinos de orgánulos de proteínas contaminantes y proteínas en tránsito a través de la vía secretora.