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El código genético es degenerado. Con la excepción de dos aminoácidos (Met y Trp), todos los demás residuos de aminoácidos están codificados por múltiples codones sinónimos. Se presumió inicialmente que los codones sinónimos tenían funciones completamente equivalentes; sin embargo, el hallazgo de que los codones sinónimos no están presentes en frecuencias iguales en genes/genomas sugirió que la elección de codones podría tener implicaciones funcionales más allá de la codificación de aminoácidos. El patrón de uso no uniforme de codones (conocido como sesgo de uso de codones) varía entre organismos y representa una característica única de un organismo. La elección de codones específica de cada organismo está relacionada con diferencias específicas de cada organismo en las poblaciones de tRNAs cognados. Esto implica que, en un organismo dado, los codones utilizados con frecuencia se traducirán más rápidamente que los que se utilizan con menor frecuencia y viceversa. Se propuso una teoría de co-evolución codón-tRNA (necesaria para equilibrar la producción precisa y eficiente de proteínas) para explicar la existencia del sesgo de uso de codones. Este modelo sugiere que la selección favorece a los codones preferidos (frecuentes) sobre los no preferidos (raros) para mantener una producción eficiente de proteínas en las células y que un codón no preferido específico tendrá el mismo efecto sobre la aptitud de un organismo independientemente de su posición dentro del marco de lectura abierto de un mRNA. Sin embargo, muchos estudios recientes refutan esta predicción. Se ha encontrado que los codones no preferidos tienen roles funcionales importantes y sus efectos parecen ser dependientes de la posición. El uso de codones sinónimos afecta la eficiencia/rigor de la decodificación de mRNA, la biogénesis/estabilidad del mRNA y la secreción y plegamiento de proteínas. Esta revisión resume desarrollos recientes en el campo que han identificado nuevas funciones de los codones sinónimos y su uso.
Hallinger et al. (Sat,) estudiaron esta cuestión.
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