OncoDB: una base de datos interactiva en línea para el análisis de la expresión genética y la infección viral en el cáncer

Conjuntos de datos multi-ómicos a gran escala, principalmente del consorcio TCGA, han sido puestos a disposición del público para la caracterización sistemática de los cánceres humanos. Sin embargo, hasta la fecha, no existen recursos en línea correspondientes para utilizar estos valiosos datos para estudiar la disfunción en la expresión genética y la infección viral, dos causas principales del desarrollo y progresión del cáncer. Para abordar estas necesidades insatisfechas, establecimos OncoDB, un recurso de base de datos en línea para explorar patrones anormales en la expresión genética, así como la infección viral que están correlacionados con características clínicas en el cáncer. Específicamente, OncoDB integra datos de RNA-seq, metilación de ADN y datos clínicos relacionados de más de 10,000 pacientes con cáncer en el estudio TCGA, así como de tejidos normales en el estudio GTEx. Otro aspecto único de OncoDB es su enfoque en oncovirus. Al analizar los datos de RNA-seq del TCGA, hemos identificado seis oncovirus principales en diferentes tipos de cáncer y correlacionado la infección viral con cambios en la expresión genética del huésped y con resultados clínicos. Todos los resultados del análisis se presentan de manera integrativa en OncoDB con una interfaz web flexible para buscar datos relacionados con la expresión de RNA, la metilación de ADN, la infección viral y las características clínicas de los pacientes con cáncer. OncoDB es accesible de forma gratuita en http://oncodb.org.