Convergencia de muestreo en simulaciones de proteínas

Con la dinámica molecular, la dinámica de proteínas puede ser simulada en detalle atómico. Las computadoras actuales no son lo suficientemente rápidas para explorar todas las conformaciones disponibles, pero las fluctuaciones alrededor de una conformación pueden ser muestreadas hasta un grado razonable. Los movimientos con las fluctuaciones más grandes pueden ser filtrados de una simulación utilizando análisis de covarianza o análisis de componentes principales. Un problema con este análisis es que la difusión aleatoria puede aparecer como movimiento correlacionado. Se presenta un análisis de cuánto tiempo debería durar una simulación para obtener resultados relevantes para movimientos globales. El análisis revela que el contenido coseno de los componentes principales es un buen indicador de un mal muestreo.