La secuencia y traducción del ARN genómico de coronavirus murino de extremo 5' revela la estructura N-terminal de la putativa ARN polimerasa

Se ha sugerido que una proteína de 28 kilodaltons es el producto de escisión del extremo amino de la putativa ARN polimerasa del coronavirus (gen A) (M.R. Denison y S. Perlman, Virology 157:565-568, 1987). Para elucidar la estructura y el mecanismo de síntesis de esta proteína, se determinó la secuencia nucleótida de las 2.0 kilobases del extremo 5' del genoma del virus de la hepatitis murina, cepa JHM. Esta secuencia contiene un único marco de lectura abierto largo y predice una región amino-terminal altamente básica. La traducción libre de células de los ARN transcritos in vitro a partir de ADN que contienen secuencias del gen A en vectores pT7 produjo proteínas iniciadas desde el codón de iniciación óptimo más cercano al extremo 5' en la posición 215 desde el extremo 5' del genoma. La secuencia que precede a este codón de iniciación predice la presencia de una estructura de bucle en horquilla estable. La presencia de una estructura secundaria de ARN en el extremo 5' del genoma de ARN está respaldada por la observación de que las secuencias del gen A se tradujeron más eficientemente in vitro cuando se eliminaron las secuencias no codificantes aguas arriba. Al comparar los productos de traducción del ARN genómico del virión y ARN transcritos in vitro, establecimos que nuestros clones que abarcan el ARN genómico del virus de la hepatitis murina del extremo 5' codifican el producto de escisión N-terminal de 28 kilodaltons de la proteína del gen A. Se proponen posibles sitios de escisión para esta proteína.