Detección simultánea de repeticiones de microsatélites y SNPs en el gen del factor de migración de macrófagos (MIF) mediante chips biosensores de película delgada y aplicación a estudios de campo rurales

Las repeticiones de microsatélites y los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) son fuentes abundantes de variación genética, pero las metodologías existentes no pueden detectar simultáneamente estos variantes de manera fácil o económica. Describimos aquí un chip biosensor de película delgada basado en una matriz de oligonucleótidos que discrimina alelos, que permite la genotipificación tanto de repeticiones de microsatélites como de SNPs en un solo análisis. Validamos esta metodología para la repetición funcionalmente polimórfica -794 CATT(5-8) y el SNP -173 G/C presente en el promotor del gen humano del factor de migración de macrófagos (MIF). En una comparación de 30 muestras recogidas en un hospital rural en Zambia, observamos una concordancia del 100% tanto para la repetición CATT como para el SNP G/C entre la metodología del biosensor y la electroforesis capilar convencional. Los chips biosensores son de bajo costo y, una vez impresos, son robustos y no requieren instrumentación para el análisis. Cuando se combinan con la amplificación por desplazamiento múltiple, esta metodología puede ser utilizada en entornos primitivos para la genotipificación de cantidades de nanogramos de ADN presentes en sangre, secado y almacenado en muestras de papel filtro. Aplicamos esta metodología a un estudio de campo del genotipo de MIF en niños con malaria, y proporcionamos la primera evidencia de una posible asociación entre los alelos de MIF y la infección por malaria. También presentamos datos que apoyan una estratificación poblacional significativa de las formas de baja y alta expresión de MIF que pueden influir en el papel de este gen en enfermedades infecciosas.