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Las comparaciones entre taxones proporcionan un medio poderoso para ayudar a entender por qué las especies de primates difieren entre sí en morfología, comportamiento e historia de vida. Las pruebas comparativas también pueden ser engañosas si no se aplican correctamente, y la aplicación correcta implica tener en cuenta las relaciones filogenéticas entre las especies que se comparan. La adaptación se define como un concepto comparativo. Se resumen las razones de la similitud fenotípica entre taxones estrechamente relacionados. Diferentes modelos de cambio evolutivo dictan distintos métodos para reconstruir estados de caracteres ancestrales y para realizar análisis comparativos sobre caracteres categóricos y que varían continuamente. Todos los métodos comparativos se basan, ya sea implícita o explícitamente, en algún modelo de cómo progresa la evolución. La elección de un método particular de análisis es, por lo tanto, una elección implícita de un modelo de evolución.
Pagel et al. (Martes,) estudiaron esta cuestión.