Los promotores son los elementos genéticos que rigen la transcripción de todos los genes codificantes y no codificantes. La caja TATA es el elemento promotor más conservado en todos los genomas, abarcando desde levaduras unicelulares hasta mamíferos complejos. Estudios previos revelaron que las regiones promotoras que contienen la caja TATA varían en su composición de GC, contenido de islas CpG y características estructurales del ADN en varias líneas filogenéticas. En nuestro estudio reciente, mostramos que la perplejidad de la secuencia es una característica única y novedosa de las regiones funcionales de los genomas que se conserva en toda la vida celular. En este estudio, examinamos la arquitectura del promotor de los genes que contienen TATA y promotores sin motivo (NM) utilizando la perplejidad de la secuencia para evaluar las similitudes y diferencias en 15 genomas. Además, intentamos comparar la distribución de la perplejidad con la energía libre para revelar su conservación. Los resultados indicaron que las regiones promotoras centrales en ambas clases, TATA y sin motivo, mostraron una menor perplejidad en comparación con las regiones upstream y downstream. Independientemente de la presencia de la caja TATA, el contenido de GC del genoma o el grupo filogenético, la perplejidad es menos invariante. Además, confirmamos las tendencias con análisis estadístico y análisis de logotipos de secuencias. Estos hallazgos establecen la perplejidad como un marcador robusto e independiente del motivo de la identidad del promotor, conservado en toda la vida eucariota y posicionan la energía libre y la perplejidad como descriptores complementarios en lugar de redundantes de la organización del promotor.
Gummadi et al. (Mon,) estudiaron esta cuestión.