Protocolo para maximizar la complejidad de la biblioteca multioma de núcleos individuales para tejidos primarios limitados a través de la optimización de la preparación de muestras y la síntesis de bibliotecas

Puntos clave

• El objetivo es optimizar la preparación de muestras y la síntesis de bibliotecas para el perfilado multiómico de núcleos individuales a partir de tejidos primarios limitados.
• Protocolos para disociar carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello y tejidos normales emparejados utilizando un flujo de trabajo mecánico-enzimático.
• Minimización del fondo de ácidos nucleicos ambientales mediante lisis de glóbulos rojos y tratamiento con DNasa-I.
• Aislamiento de núcleos intactos mediante centrifugación en gradiente de densidad y empleo de PCR de indexación de sn-ATAC y 3′-GEX modificados para selección de tamaño.
• Incremento exitoso de la complejidad de la biblioteca para el perfilado multiómico a partir de muestras tumorales limitadas.
• Reducción significativa en el contenido de residuos que mejora la calidad del ácido nucleico.
• Protocolos robustos para el aislamiento de núcleos individuales, mejorando los resultados del análisis transcriptómico y epigenómico.