RARTF: Base de Datos y Herramientas para Conjuntos Completos de Factores de Transcripción de Arabidopsis

Más del 5% de todos los genes en el genoma de Arabidopsis thaliana se ha asumido que codifican para factores de transcripción. Sin embargo, ha sido difícil identificarlos con precisión. Para construir conjuntos adecuados de factores de transcripción, utilizamos PSI-BLAST e InterProScan, y también revisamos varias familias manualmente. Especialmente para determinar los principales factores de transcripción de Arabidopsis (MYB, AP2/EREBP, bHLH, NAC, MADS, bZIP, WRKY), comparamos los resultados de búsqueda de PSI-BLAST con los de informes recientes. Finalmente, identificamos 1968 proteínas como factores de transcripción (7.4% de todos los genes de Arabidopsis). Establecimos una base de datos llamada RARTF (base de datos de factores de transcripción de Arabidopsis de RIKEN, http://rarge.gsc.riken.jp/rartf/) basada en los factores de transcripción identificados. En RARTF, proporcionamos información sobre el motivo funcional de los factores de transcripción, cDNAs de longitud completa, eventos de empalme alternativo de pre-mARN y mutantes etiquetados con transposones Ac/Ds. También proporcionamos perfiles de expresión de 400 genes de factores de transcripción en seis experimentos. Reportaremos en un futuro cercano los perfiles de expresión de todos los genes de factores de transcripción en varios tejidos vegetales bajo diversas condiciones de estrés y hormonas.