MirGeneDB 2.1: hacia un muestreo completo de todos los principales filos animales

Describimos una actualización de MirGeneDB, la base de datos de genes de microARN curada manualmente. Siguiendo criterios uniformes y consistentes para la anotación y nomenclatura de microARN, ampliamos sustancialmente MirGeneDB con 30 especies adicionales que representan filos de metazoos anteriormente ausentes, como esponjas, medusas, rotíferos y platelmintos. MirGeneDB 2.1 consta ahora de 75 especies que abarcan más de ∼800 millones de años de evolución animal, y contiene un número total de 16 670 microARN de 1549 familias. En esta actualización se agregaron más de 6000 microARN utilizando ∼550 conjuntos de datos con ∼7.5 mil millones de lecturas de secuenciación. Al añadir nuevas especies filogenéticamente importantes, especialmente aquellas relevantes para el estudio de eventos de duplicación del genoma completo, y mediante la actualización de los nodos evolutivos de origen para muchas familias y genes, pudimos perfeccionar sustancialmente nuestro sistema de nomenclatura. Todos los cambios son rastreables en el rastreador de versiones de MirGeneDB desarrollado específicamente. Se ha mejorado el rendimiento de las páginas de lecturas y ahora también se pueden descargar las matrices de expresión de microARN para todos los tejidos y especies. En conjunto, esta actualización representa un paso significativo hacia un muestreo completo de todos los principales filos de metazoos, y una base ampliamente necesaria para estudios comparativos de genómica y transcriptómica de microARN. MirGeneDB 2.1 forma parte de RNAcentral y Elixir Norway, y está disponible de forma pública y gratuita en http://www.mirgenedb.org/.