Un portal web habilitado para cuadrículas para el refinamiento de estructuras NMR con AMBER

MOTIVACIÓN: El flujo de trabajo típico para la determinación de estructuras NMR implica la recolección de miles de restricciones conformacionales, calculando un conjunto de 20-40 conformadores que estén de acuerdo con ellas y refinando la energía de estos conformadores. El paso de cálculo de la estructura emplea recocido simulado basado en simulaciones de dinámica molecular (MD) con campos de fuerza muy simplificados. Se documenta el valor de refinar los conformadores calculados utilizando simulaciones de MD restringido (rMD) con campos de fuerza de vanguardia. Este refinamiento, sin embargo, presenta varias sutilezas, desde el formato adecuado de las restricciones conformacionales hasta la definición de protocolos apropiados. RESULTADOS: Describimos una interfaz web para configurar y ejecutar cálculos con el paquete AMBER, que llamamos AMPS-NMR (Servidor de portal basado en AMBER para estructuras NMR). La interfaz permite el refinamiento de estructuras NMR a través de rMD. Se proporcionan algunos protocolos predefinidos para este propósito, que pueden ser personalizadas; también es posible crear un protocolo completamente nuevo. AMPS-NMR puede manejar varios tipos de restricciones. Se muestran como ejemplos el refinamiento estándar de rMD en agua explícita de las estructuras de tres proteínas diferentes. AMPS-NMR incluye además un espacio de trabajo para que el usuario almacene diferentes cálculos. Como un servicio auxiliar, se ofrece una interfaz web para AnteChamber, que permite el cálculo de parámetros de campos de fuerza para moléculas orgánicas como ligandos en aductos proteína-ligando. DISPONIBILIDAD Y IMPLEMENTACIÓN: AMPS-NMR está integrado dentro de los servicios de NMR del proyecto WeNMR y está disponible en http://py-enmr.cerm.unifi.it/access/index/amps-nmr; su uso requiere registro con un certificado digital. CONTACTO: ivanobertini@cerm.unifi.it INFORMACIÓN SUPLEMENTARIA: Los datos suplementarios están disponibles en Bioinformatics en línea.