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संक्षेपः लॉन्ग रीड अनुक्रमण की शुरुआत के बाद से, लंबे रीड लंबाई प्राप्त करना कई उपयोगकर्ताओं के लिए एक प्रमुख लक्ष्य रहा है। ऑक्सफोर्ड नैनोपोर अनुक्रमकों से उत्पन्न अल्ट्रा-लॉन्ग रीड सेट (N50 ≥ 100 किमी) ने हाल के वर्षों में जीनोम असेंबली में सुधार किया है। हालांकि, निष्कर्षण प्रोटोकॉल और पुस्तकालय तैयारी विधियों में प्रगति के बावजूद, अल्ट्रा-लॉन्ग अनुक्रमण कई नमूना प्रकारों के लिए चुनौतीपूर्ण बना हुआ है। यहाँ हम विभिन्न विधियों की तुलना करते हैं और FindingNemo प्रोटोकॉल प्रस्तुत करते हैं जो: (1) कांच की गेंदों और हेक्सामाइनकोबाल्ट(III) क्लोराइड (CoHex) का उपयोग करके अल्ट्रा-हाई आणविक भार (UHMW) DNA निष्कर्षण और पुस्तकालय सफाई को अनुकूलित करता है, (2) एकल मिनियन फ्लो सेल से >20 Gb रीड्स या प्रमेथियन उपकरणों से >100 Gb अल्ट्रा-लॉन्ग अनुक्रमण उपज प्रदान कर सकता है (R9.4 से R10.4 पोरी प्रकार), और (3) कम इनपुट कोशिकाओं या कम DNA मात्रा के लिए स्केलेबल है, जिसमें निष्कर्षण से अनुक्रमण एक ही कार्य दिवस में संभव है। तुलना के लिए, हम दिखाते हैं कि यह प्रोटोकॉल पिछले प्रोटोकॉल की तुलना में बेहतर है क्योंकि यह कोशिका की संख्या, नमूना पतला करने और समांतर करने के तरीकों द्वारा इनपुट DNA मात्रा और गुणवत्ता का सटीक निर्धारण करता है।
कैह्यानी एट अल। (सूरज,) ने इस प्रश्न का अध्ययन किया।
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