क्रोमोसोम-स्तरीय, हैप्लोटाइप-समाधान मानव जीनोम का असेंबली

हैप्लोटाइप-समाधान या चरणबद्ध जीनोम असेंबली जीनोम और उनके जटिल आनुवंशिक भिन्नताओं का पूरा चित्र प्रदान करती है। हालाँकि, चरणबद्ध असेंबली के लिए वर्तमान एल्गोरिदम या तो क्रोमोसोम-स्तरीय फ़ेज़िंग उत्पन्न नहीं करते हैं या पेड़ की जानकारी की आवश्यकता होती है, जिससे उनकी आवेदन सीमा होती है। हम डिप्लाइड असेंबली (DipAsm) नामक एक विधि प्रस्तुत करते हैं जो एकल व्यक्तियों के लिए लंबे, सटीक रीड्स और लंबी-सीमा के समाकृति डेटा का उपयोग करती है ताकि 1 दिन के भीतर क्रोमोसोम-स्तरीय चरणबद्ध असेंबली उत्पन्न की जा सके। चार सार्वजनिक मानव जीनोम, PGP1, HG002, NA12878 और HG00733 पर लागू होने पर, DipAsm ने 50% ज्ञात जीनोम (NG50) को कवर करने के लिए आवश्यक न्यूनतम कंटिग लंबाई के साथ हैप्लोटाइप-समाधान असेंबली तैयार की जो 25 Mb तक और ~99.5% हेटेरोज़ाइगस साइटों को 98-99% सटीकता पर चरणबद्ध करती है, जो क्रमभंगता और फ़ेज़िंग पूर्णता दोनों के मामले में अन्य दृष्टिकोणों को पीछे छोड़ देती है। हम संरचनात्मक भिन्नताओं (SVs) की खोज के लिए क्रोमोसोम-स्तरीय चरणबद्ध असेंबलियों के महत्व को प्रदर्शित करते हैं, जिसमें हजारों नए ट्रांसपोज़न इनसर्शन और मानव ल्यूकोसाइट एंटीजन (HLA) और किलर सेल इम्युनोग्लोबुलिन-लाइक रिसेप्टर (KIR) क्षेत्रों जैसे अत्यधिक बहुरूपवादी और चिकित्सा रूप से महत्वपूर्ण क्षेत्रों की खोज शामिल है। DipAsm उच्च-गुणवत्ता वाली सटीक चिकित्सा और व्यक्तिगत हैप्लोटाइप भिन्नता और जनसंख्या विविधता के अध्ययन को सुविधाजनक बनाता है।