प्रोटीन ब्लॉक्स से एमिनो एसिड प्रतिस्थापन मैट्रिक्स।

प्रोटीन अनुक्रमों के संरेखण के लिए विधियाँ आमतौर पर एक प्रतिस्थापन मैट्रिक्स का उपयोग करके समानता को मापती हैं जिसमें एक एमिनो एसिड के दूसरे के साथ सभी संभावित विनिमय के लिए स्कोर होते हैं। सबसे व्यापक रूप से उपयोग की जाने वाली मैट्रिक्स डेहॉफ मॉडल पर आधारित होती हैं जो विकासात्मक दरों को दर्शाती हैं। एक अलग दृष्टिकोण का उपयोग करते हुए, हमने लगभग 2000 संरेखित अनुक्रम खंडों के ब्लॉकों से प्रतिस्थापन मैट्रिक्स व्युत्पन्न किए हैं जो 500 से अधिक संबंधित प्रोटीन समूहों को वर्णित करते हैं। इससे संरेखण में स्पष्ट सुधार और प्रत्येक समूह से प्रश्नों का उपयोग करके खोजों में वृद्धि हुई।