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हालाँकि क्रैकेन की k-mer-आधारित विधि मेटाजीनोमिक अनुक्रम डेटा की त्वरित वर्गीकरण प्रदान करती है, इसकी बड़ी मेमोरी आवश्यकताएँ कुछ अनुप्रयोगों के लिए सीमित हो सकती हैं। क्रैकेन 2 क्रैकेन 1 की तुलना में 85% मेमोरी उपयोग को कम करके सुधार करती है, जो अधिक संदर्भ जीनोमिक डेटा के उपयोग की अनुमति देती है, जबकि उच्च सटीकता बनाए रखते हुए गति को पांच गुना बढ़ाती है। क्रैकेन 2 एक अनुवादित खोज मोड भी पेश करती है, जो वायरल मेटाजीनोमिक विश्लेषण में संवेदनशीलता बढ़ाती है।
वुड एट अल। (गुरूवार,) ने इस प्रश्न का अध्ययन किया।