एम्बर में फ्री एनर्जी विधियों का प्रमाणीकरण

यहां हम एम्‍बर में नवीनतम जीपीयू-त्वरित फ्री एनर्जी कोड के उच्च-सटीक प्रमाणीकरण परीक्षण प्रदान करते हैं। हम दिखाते हैं कि गैस चरण और समाधान दोनों में सुसंगत फ्री एनर्जी परिणाम प्राप्त होते हैं। हम पहले थर्मोडायYNAMIC इंटीग्रेशन (TI) के संदर्भ में दिखाते हैं कि परिणाम "स्प्लिट" (जैसे, क्रमबद्ध डिचार्ज-वीडब्ल्यू-रीचार्ज) और "यूनिफाइड" प्रोटोकॉल के सापेक्ष अपरिवर्तनीय होते हैं। यह पूर्व के एम्‍बर संस्करणों में एक सूक्ष्म असंगति को उजागर करता है जो सॉफ्टकोर सीमा के पार परमाणुओं के बीच 1-4 वीडब्ल्यू और इलेक्ट्रोस्टैटिक अंतर्क्रियाओं के अनुचित उपचार के लिए संदर्भित है। हम यह स्पष्ट करते हैं कि यदि गैस चरण और जलीय चरण में अणुओं A और B के बीच रासायनिक परिवर्तन के विभिन्न चरणों द्वारा उत्पन्न समूह बहुत छोटे हैं, तो सापेक्ष हाइड्रेशन फ्री एनर्जी ΔΔGhydrA → B = ΔGaqA → B - ΔGgasA → B में असंगति न्यूनतम होती है। हालाँकि, सामान्य मामलों के लिए जहाँ समूहों के बीच महत्वपूर्ण अंतर दिखाए जाते हैं, जैसा कि लिगैंड-प्रोटीन बाइंडिंग अनुप्रयोगों में अपेक्षित है, ये त्रुटियाँ बड़ी हो सकती हैं। अंततः, हम प्रदर्शित करते हैं कि सापेक्ष हाइड्रेशन फ्री एनर्जी सिमुलेशन के परिणाम TI या मल्टीस्टेट बेनेट के स्वीकृति अनुपात (MBAR) विश्लेषण पर निर्भर नहीं करते हैं, सॉफ्टकोर क्षेत्र के विशिष्ट चयन के प्रति अपरिवर्तनीय हैं, और पराबोलिक हाइड्रेशन फ्री एनर्जी मानों से व्युत्पन्न परिणामों के साथ सहमत हैं।