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जेनेटिक-पर्यावरण परस्पर क्रियाएँ प्राकृतिक जनसंख्याओं में गुणात्मक लक्षणों में जेनेटिक भिन्नता बनाए रखने की एक शक्तिशाली शक्ति हो सकती हैं। यह एक सरल मॉडल के द्वारा दिखाया गया है जिसमें एलील के जोड़ने वाले योगदान पर्यावरण के साथ भिन्न होते हैं। सरल समरूपता धारणाओं के तहत, मॉडल यह इंगित करता है कि एक बहुलोकस जेनेटोटाइप द्वारा उत्पन्न फेनोटाइप का विविधता उस समय घटती है जब विषमजीन सिटों की संख्या बढ़ती है। एक आदर्श फेनोटाइप के क्षेत्र में, गुणात्मक लक्षणों से फिटनेस की मैपिंग अवतल होती है, और एक जेनेटोटाइप की औसत फिटनेस विषमजीन सिटों की संख्या के साथ बढ़ेगी। इससे संतुलन चयन, बहुरूपता, और संभवतः उच्च स्तर की जोड़ने वाली जेनेटिक विविधता उत्पन्न होती है, हालांकि सभी एलील प्रभाव विशेष पर्यावरण में जोड़ने वाले रहते हैं। मॉडल का एक महत्वपूर्ण निहितार्थ यह है कि जेनेटिक-पर्यावरण परस्पर क्रियाओं द्वारा बनाए रखी गई भिन्नता का अध्ययन करना सामान्य प्रयोगों में प्रतिबंधित पर्यावरण की सीमा के साथ कठिन है। विशेष रूप से, यदि एलील प्रभावों में उतार-चढ़ाव व्यापक हैं, जैसा कि जेनेटिक-पर्यावरण परस्पर क्रियाओं पर व्यापक साहित्य द्वारा सुझाया गया है, तो एक विशिष्ट पर्यावरण में जेनेटिक पैरामीटरों का अनुमान लगाने के प्रयासों की सीमित मूल्य हो सकता है.
गिलेस्पी एट अल. (सन,) ने इस प्रश्न का अध्ययन किया।