मायकॉ प्लाज्मा हायोरहिनिस स्ट्रेन का मल्टीलोकस अनुक्रम टाइपिंग: एक रियल-टाइम टैकमैन पीसीआर परीक्षण द्वारा पहचान

प्रोटीन p37 को एन्कोड करने वाले जीन पर आधारित एक वास्तविक समय टैकमैन पीसीआर परीक्षण विकसित किया गया था ताकि मायकॉ प्लाज्मा हायोरहिनिस का पता लगाया जा सके। इसकी विशिष्टता 29 महामारी विज्ञान से अप्रासंगिक M. hyorhinis स्ट्रेन (28 फील्ड स्ट्रेन और एक संदर्भ स्ट्रेन) और अन्य मायकॉ प्लाज्मा प्रजातियों या अन्य सूक्ष्मजीवों के साथ मान्य की गई जो सूअरों में सामान्य रूप से पाए जाते हैं। इस qPCR परीक्षण की अनुमानित पहचान सीमा 125 सूक्ष्मजीव समकक्ष/μl थी। इसी 29 महामारी विज्ञान से अप्रासंगिक M. hyorhinis स्ट्रेन और चार पहले से पूर्ण अनुक्रमित स्ट्रेन को दो पोर्टेबल टाइपिंग विधियों से टाइप किया गया, जिसमें p37 जीन का अनुक्रमण और मल्टीलोकस अनुक्रम टाइपिंग (MLST) योजना शामिल है। पहले तरीके ने 18 अलग-अलग न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों को प्रकट किया और अपर्याप्त भेदभावी शक्ति (0.934) थी। MLST योजना M. hyorhinis स्ट्रेन HUB-1, GDL-1, MCLD, और SK76 के अनुक्रमित जीनोम के साथ विकसित की गई थी और जीन dnaA, rpoB, gyrB, gltX, adk, और gmk पर आधारित थी। प्रत्येक स्ट्रेन के लिए कुल 2,304 bp अनुक्रम का विश्लेषण किया गया। MLST 33 स्ट्रेन को 29 विभिन्न अनुक्रम प्रकारों में विभाजित करने में सक्षम था। इस विधि की भेदभावी शक्ति >0.95 थी, जो आत्मविश्वास से टाइपिंग परिणामों को व्याख्यायित करने के लिए थ्रेसहोल्ड मूल्य है (D=0.989)। जनसंख्या विश्लेषण से पता चला कि M. hyorhinis में पुनः संयोजन होता है और स्ट्रेन विविध हैं लेकिन एक निश्चित क्लोनालिटी के साथ (एक अद्वितीय क्लोनल कॉम्प्लेक्स की पहचान की गई)। नया qPCR परीक्षण और मजबूत MLST योजना M. hyorhinis महामारी विज्ञान पर नए ज्ञान के अधिग्रहण के लिए उपलब्ध हैं। M. hyorhinis MLST योजना के लिए एक वेब-सुलभ डेटाबेस http://pubmlst.org/mhyorhinis/ पर स्थापित किया गया है।