सूक्ष्मजीव जीनोम एटलस (MiGA) वेब सर्वर: सम्पूर्ण जीनोम स्तर पर आर्किया और बैक्टीरिया का करTaxonomic और जीन विविधता विश्लेषण

छोटी उपयोजक राइबोसोमल आरएनए जीन (16S rRNA) का सफलतापूर्वक उपयोग प्रोकैरियोटिक प्रजातियों और समुदायों की विविधता को सूचीबद्ध और अध्ययन करने के लिए किया गया है, लेकिन यह प्रजातियों और सूक्ष्म स्तरों पर सीमित संकल्प प्रदान करता है, और सम्पूर्ण जीनोम विविधता और तरलता का प्रतिनिधित्व नहीं कर सकता। इन सीमाओं को पार करने के लिए, हमने सूक्ष्मजीव जीनोम एटलस (MiGA) पेश किया, एक वेब सर्वर जो अनजान प्रश्न जीनोमिक अनुक्रम को वर्गीकृत करने की अनुमति देता है, चाहे वह पूर्ण हो या आंशिक, सभी टैक्सोनोमिक रूप से वर्गीकृत टैक्सा के खिलाफ उपलब्ध जीनोम अनुक्रम के साथ, साथ ही अनसंस्कृत जीनोम सहित अन्य संबंधित जीनोम के साथ तुलना करने की अनुमति देता है, जीनोम-एग्रीगेट औसत न्यूक्लियोटाइड और एमिनो एसिड पहचान (ANI/AAI) अवधारणाओं के आधार पर। MiGA अनुक्रम गुणवत्ता त्रिमिंग और असेंबली में सर्वोत्तम प्रथाओं को एकीकृत करता है और इनपुट को कच्चे पढ़ने या आइसोलेट जीनोम, एकल-सेल अनुक्रमों, और मेटाजीनोम-एसेम्ब्लेड जीनोम (MAGs) से असेंबली के रूप में स्वीकार करता है। इसके अलावा, MiGA समान या निकटतम संबंधित प्रजातियों के सैकड़ों निकटता से संबंधित जीनोम को इनपुट के रूप में ले सकता है (जिसे 'क्ले़ड प्रोजेक्ट' कहा जाता है) ताकि उनके जीन सामग्री विविधता और विकासात्मक संबंधों का आकलन किया जा सके, और महत्वपूर्ण क्लेड गुण जैसे पैंजीनोम और कोर जीन सेट का अनुमान लगाया जा सके। इसलिए, MiGA से अपेक्षा की जाती है कि यह जीनोम-आधारित करTaxonomic और विविधता अध्ययन, और पर्यावरणीय और नैदानिक सेटिंग्स में गुणवत्ता मूल्यांकन को सुविधाजनक बनाएगा। MiGA उपलब्ध है http://microbial-genomes.org/ पर।