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आणविक नेटवर्किंग (MN) मेटाबोलोमिक समुदाय में एक मानक जैव सूचना विज्ञान उपकरण बनता जा रहा है। इसका ढांचा इस अवलोकन पर आधारित है कि उच्च स्तर की रासायनिक समानता वाले यौगिक समान MS2 विखंडन मार्ग साझा करते हैं। MS2 स्पेक्ट्रल क्लस्टरों के बीच स्पष्ट विभाजन प्रदान करने के लिए, केवल सबसे प्रासंगिक समानता स्कोर का चयन किया जाता है, जिसके लिए समय लेने वाली पैरामीटर ऑप्टिमाइजेशन की आवश्यकता होती है। चयनित फ़िल्टरिंग मानों के आधार पर, कुछ स्कोर मनमाने ढंग से हटा दिए जाते हैं और जानकारी का एक हिस्सा नजरअंदाज कर दिया जाता है। MS2 स्पेक्ट्रा डेटा सेट का एक विश्वसनीय प्रतिनिधित्व बनाने की समस्या को आयाम घटाने और पैटर्न पहचान के उद्देश्यों के लिए विकसित एल्गोरिदम का उपयोग करके हल किया जा सकता है, जैसे कि t-वितरित यादृच्छिक पड़ोसी एम्बेडिंग (t-SNE)। यह बहुविकल्पीय एम्बेडिंग विधि स्थानीय विवरणों पर विशेष ध्यान देती है और पूरे डेटा स्पेस का प्रतिनिधित्व करने के लिए गैर-रेखीय आउटपुट का उपयोग करती है। GNPS कार्यप्रवाह और नेटवर्किंग आर्किटेक्चर की अंतर्निहित सीमाओं को पार करने के लिए, हमने मेटजेम विकसित किया। हमारा सॉफ़्टवेयर कच्चे डेटा सेट के दो पूर्णांकित प्रतिनिधित्वों, एक पारंपरिक GNPS-शैली MN पर और दूसरा t-SNE एल्गोरिदम पर आधारित, की समानांतर जांच की अनुमति देता है। t-SNE ग्राफ़ संबंधित स्पेक्ट्रा के समूहों के बीच अंतर्सक्रियाओं को बनाए रखता है, जबकि MN आउटपुट क्लस्टरों का स्पष्ट विभाजन करने की अनुमति देता है। इसके अतिरिक्त, लगभग सभी पैरामीटर को वास्तविक समय में समायोजित किया जा सकता है, और छोटे डेटा सेट के लिए कुछ ही सेकंड में नए नेटवर्क उत्पन्न किए जा सकते हैं। इस एकीकृत इंटरफ़ेस ( https://metgem.github.io ) के विकास के साथ, हमने MS2 तुलना और स्पेक्ट्रल नेटवर्क उत्पादन के लिए एक समर्पित, उपयोगकर्ता के अनुकूल, स्थानीय सॉफ़्टवेयर की आवश्यकता को पूरा किया।
ओलिवोन एट अल। (बुध,) ने इस प्रश्न का अध्ययन किया।