d(GCGAAGC) और d(GCGAAAGC) (tetragonal form) की संरचनाएं: एक कार्यात्मक G·A×A·G क्रॉसिंग बनाने के लिए sheared G·A युग्मों के पार्टनरों की स्विचिंग

DNA खंड d(GCGAAGC) और d(GCGAAAGC) कई असाधारण गुण प्रदर्शित करने के लिए जाने जाते हैं। उनकी क्रिस्टल संरचनाएं क्रमशः 1.6 और 1.65 A रेजोल्यूशन पर निर्धारित की गई हैं। एक एंटीपैरेलल तरीके से संरेखित दो हेप्टामर मिलकर आणविक टूफोल्ड समरूपता वाला एक डुप्लेक्स बनाते हैं। क्रिस्टलोग्राफिक असममित इकाई में, तीन संरचनात्मक रूप से समान डुप्लेक्स उपस्थित हैं। प्रत्येक डुप्लेक्स के दोनों सिरों पर, दो Watson-Crick G.C युग्म स्टेम क्षेत्रों का निर्माण करते हैं। केंद्रीय भाग में, दो sheared G.A युग्म क्रॉस्ड और एक दूसरे पर स्टैक्ड होते हैं, जिससे G.AxA.G क्रॉसिंग के दो स्टैक्ड ग्वानिन बेस अपने Watson-Crick और मेजर-ग्रूव स्थलों को विलायक में एक्सपोज़ करते हैं, जो एक कार्यात्मक भूमिका का संकेत देता है। A(5) अवशेषों के एडेनिन मोइटीज़ डुप्लेक्स के अंदर, A(4) और G(6) अवशेषों के बीच स्थित होते हैं, लेकिन इंटरैक्शन के लिए कोई पार्टनर नहीं होते हैं। काउंटर स्ट्रैंड पर खुले स्थान को बंद करने के लिए, डुप्लेक्स अत्यधिक मुड़ा हुआ होता है। d(GCGAAAGC) क्रिस्टल (tetragonal form) की असममित इकाई में, केवल एक ऑक्टामर श्रृंखला होती है। हालांकि, क्रिस्टलोग्राफिक टूफोल्ड समरूपता द्वारा संबंधित दो श्रृंखलाएं मिलकर एक एंटीपैरेलल डुप्लेक्स बनाती हैं, जो ऑक्टामर के हेक्सागोनल क्रिस्टल रूप में पाए जाने वाले बेस-इंटरकेलेटेड डुप्लेक्स के समान है। यह ध्यान रखना दिलचस्प है कि d(GCGAAGC) की वर्तमान बल्ज-इन संरचना और d(GCGAAAGC) के बेस-इंटरकेलेटेड डुप्लेक्स के बीच महत्वपूर्ण अंतर का श्रेय sheared G.A युग्मों के पार्टनरों की स्विचिंग को दिया जा सकता है।