लिस्टेरिया मोनोसाइटोजेन्स की निगरानी के लिए रियल-टाइम संपूर्ण-जीन अनुक्रमण, फ्रांस

2015-2016 के दौरान, हमने रुटीन टाइपिंग टूल के रूप में संपूर्ण-जीन अनुक्रमण (WGS) के प्रदर्शन का मूल्यांकन किया। लिस्टेरियोसिस की सूक्ष्मजीवविज्ञान और महामारी विज्ञान की निगरानी के लिए इसके अतिरिक्त मूल्य की तुलना प्रेरित क्षेत्र जनन विद्युत् (PFGE), वर्तमान मानक विधि के साथ की गई। रुटीन निगरानी के हिस्से के रूप में एकत्र किए गए 2,743 लिस्टेरिया मोनोसाइटोजेन्स आइसोलेट्स को PFGE और WGS से निकाले गए कोर जीनोम मल्टीलोकस अनुक्रमण (cgMLST) द्वारा समानांतर में वर्णित किया गया। हमने मानव आइसोलेट्स वाले PFGE और cgMLST समूहों की जांच की। cgMLST द्वारा आइसोलेट्स का भेदभाव PFGE की तुलना में महत्वपूर्ण रूप से अधिक था (p<0.001)। cgMLST ने अव्यक्त आइसोलेट्स का भेद किया जो समान PFGE प्रोफाइल साझा कर रहे थे और पारसाम्यात्मक रूप से निकट संबंध में आइसोलेट्स के साथ भिन्न PFGE प्रोफाइल वाले। इस प्रक्रिया ने महामारी विज्ञान की जांच को केवल पारसाम्यात्मक रूप से निकट संबंध में आइसोलेट्स को शामिल करने के लिए भी परिष्कृत किया, स्रोत पहचान में सुधार किया, और महामारी विज्ञान की जांच को आसानी से सक्षम किया, जिससे अधिक प्रकोपों की पहचान शुरुआती चरणों में की जा सकी। L. मोनोसाइटोजेन्स के लिए प्राथमिक टाइपिंग विधि के रूप में WGS-आधारित टाइपिंग को PFGE का स्थान लेना चाहिए।