"स्मॉल-इंटेलिजेंट" फोकस्ड म्यूटाजेनेसिस लाइब्रेरी का निर्माण अच्छी तरह से डिज़ाइन किए गए संयोजनात्मक डीजेनेरेट प्राइमर्स का उपयोग करके

साइट-सैचरेशन म्यूटाजेनेसिस प्रोटीन अनुकूलन के लिए एक शक्तिशाली उपकरण है, जो इसकी दक्षता और सरलता के कारण है। एक डीजेनेरेट कोडन NNN या NNS (K) अक्सर 20 मानक एमिनो एसिड को एन्कोड करने के लिए उपयोग किया जाता है, लेकिन यह अतिरंजित कोडन उत्पन्न करेगा और निर्मित पुस्तकालय में एमिनो एसिड का असमान वितरण करेगा। यहां हम एक नई "स्मॉल-इंटेलिजेंट" रणनीति प्रस्तुत करते हैं ताकि ऐसे म्यूटाजेनेसिस लाइब्रेरी का निर्माण किया जा सके जिनमें न्यूनतम जीन पुस्तकालय का आकार हो, बिना अंतर्निहित एमिनो एसिड पूर्वाग्रहों, स्टॉप कोडन या Escherichia coli के दुर्लभ कोडन के। हमने अच्छी तरह से डिज़ाइन किए गए संयोजनात्मक डीजेनेरेट प्राइमर्स को उपयुक्त पीसीआर-आधारित म्यूटाजेनेसिस विधियों के साथ जोड़ा। डिज़ाइन की गई प्राइमर मिश्रण में प्रत्येक एमिनो एसिड के लिए ठीक एक कोडन होता है और इस प्रकार यह प्रति प्रोटीन एक जीन के साथ स्मॉल-इंटेलिजेंट म्यूटाजेनेसिस लाइब्रेरी के निर्माण की अनुमति देता है। इसके अलावा, डीसी-एनालाइज़र सॉफ्टवेयर टूल विकसित किया गया है ताकि पुस्तकालय निर्माण के लिए उपयोगकर्ता-परिभाषित यादृच्छिकता योजना के अनुसार प्राइमर डिज़ाइन में सहायता मिल सके। इस स्मॉल-इंटेलिजेंट रणनीति को एक या दो यादृच्छिक साइटों के साथ हलोहाइड्रिन डिहैलोजिनेस के यादृच्छिककरण में सफलतापूर्वक लागू किया गया। डीसी-एनालाइज़र की मदद से, यह रणनीति साबित हुई कि यह NNS यादृच्छिकता के रूप में सरल है और लक्षित जीनों को रुचि के स्थानों पर कुशलतापूर्वक यादृच्छिक करने के लिए एक सामान्य उपकरण के रूप में कार्य कर सकती है।