छोटी आरएनए का पता लगाने के लिए एक संवेदनशील गैर-रेडियोधर्मी उत्तरी ब्लॉट विधि

उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण का उपयोग करके अभूतपूर्व दर पर संभावित सक्रिय छोटे आरएनए के लगातार खोजों ने ऐसी विधियों की आवश्यकता को बढ़ा दिया है जो छोटे आरएनए के अभिव्यक्ति स्तरों का विश्वसनीय रूप से पता लगा सकें और माप सकें। वर्तमान में, उत्तरी ब्लॉट उन छोटे आरएनए को मान्य करने के लिए सबसे व्यापक रूप से उपयोग की जाने वाली विधि है जो उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण जैसी विधियों द्वारा पहचानी गई हैं। हम छोटी आरएनए (लगभग 15-40 आधार) का पता लगाने के लिए एक नई उत्तरी ब्लॉट-आधारित प्रोटोकॉल (LED) का वर्णन करते हैं, जिसमें लॉक्ड न्यूक्लियोटाइड एसिड (LNA) और 1-इथिल-3-(3-डायमेथाइलसामिनोप्रोपाइल) कार्बोडाइमाइड का उपयोग किया जाता है ताकि आरएनए को झिल्ली से क्रॉस-लिंक किया जा सके। LED RNA की मात्राओं के लिए स्पष्ट रूप से दृश्य सिग्नल उत्पन्न करता है जो 0.05 fmol तक के होते हैं। इस विधि को इसोटोप-आधारित विधियों के रात भर के प्रदर्शन की तुलना में सिग्नल तीव्रता को बेहतर बनाने के लिए केवल कुछ सेकंड की झिल्ली एक्सपोजर की आवश्यकता होती है, जो कि लगभग 1000 गुना सुधार के बराबर है। सामान्यत: उपयोग की जाने वाली रेडियोआइसोटोप-आधारित विधियों के विपरीत, जिन्हें ताजा तैयार और खतरनाक प्रॉब्स की आवश्यकता होती है, LED प्रॉब्स को कम से कम 6 महीने तक स्टोर किया जा सकता है, तेज और अधिक लागत-कुशल प्रयोगों को सक्षम बनाते हैं, और पर्यावरण के लिए अधिक मित्रवत होते हैं। LED का विस्तृत प्रोटोकॉल अनुपूरक डेटा में प्रदान किया गया है।