मैक्रोसायclic पेप्टाइड्स आणविक मॉडलिंग के लिए एक चुनौतीपूर्ण स्थिति प्रस्तुत करते हैं जिसमें न्यूनतम रासायनिक संशोधन मजबूत रूप से संरचनात्मक समुच्चय को पुनः भारित कर सकते हैं जबकि बाइंडिंग कार्य को बड़े पैमाने पर बरकरार रखते हैं। टोपोलॉजिकल प्रतिबंध, अवशिष्ट फ्लेक्सिबिलिटी और गैर-मानक लिंकिंग दोनों संरचनात्मक सैंपलिंग और बल-क्षेत्र पैरामीटरकरण को जटिल बनाते हैं, विशेष रूप से जब बाइंडिंग में भिन्नताएं समुच्चय पुनर्वितरण से उत्पन्न होती हैं न कि विशिष्ट बाउंड ज्यामिति से।
Martínez‐Noa et al. (Mon,) ने इस प्रश्न का अध्ययन किया।