ग्लिमर के साथ बैक्टीरियल जीन और एंडोसिम्बायोट डीएनए की पहचान

प्रेरणा: ग्लिमर जीन-खोज सॉफ़्टवेयर का सफलता से बैक्टीरिया, आर्किया और वायरस में जीन खोजने के लिए उपयोग किया गया है जो सैकड़ों प्रजातियों का प्रतिनिधित्व करते हैं। हम ग्लिमर प्रणाली में कई प्रमुख परिवर्तनों का वर्णन करते हैं, जिसमें कोडिंग क्षेत्रों और प्रारंभ कोडन की पहचान के लिए सुधारित विधियाँ शामिल हैं। हम ग्लिमर के एक नए मॉड्यूल का भी वर्णन करते हैं जो मेज़बान और एंडोसिम्बायोट डीएनए में अंतर कर सकता है। यह मॉड्यूल इस खोज के प्रतिक्रिया में विकसित किया गया कि युकैरियोटिक जीनोम अनुक्रमण परियोजनाएँ कभी-कभी अनजाने में मेज़बान में रहने वाले अंतःकोशीय बैक्टीरिया का डीएनए कैप्चर कर लेती हैं। परिणाम: नई विधियाँ झूठी सकारात्मक भविष्यवाणियों की दर को नाटकीय रूप से घटाती हैं, जबकि अधिकांश प्रजातियों में जीनों का पता लगाने में ग्लिमर की 99% संवेदनशीलता दर को बनाए रखती हैं, और वे जाने-पहचाने और अच्छी तरह से क्यूरेट किए गए जीनों की तुलना द्वारा मापी गई अधिक सही प्रारंभ स्थलों को पाती हैं। हम दिखाते हैं कि हमारा इंटरपोलेटेड मार्कोव मॉडल (IMM) डीएनए विवेचक हाल में हुए जीनोम प्रोजेक्ट में 99% अनुक्रमों को सही ढंग से अलग करता है, जिसने बैक्टीरिया प्रोच्लोरॉन डिडेम्नी और इसके समुद्री स्क्वर्ट मेज़बान, लिसोश्लिनम पाटेला के अनुक्रमों का मिश्रण उत्पन्न किया। उपलब्धता: ग्लिमर OSI प्रमाणित ओपन-सोर्स है और http://cbcb.umd.edu/software/glimmer पर उपलब्ध है।