mitch: मल्टी-कॉन्ट्रास्ट पाथवे एनरिचमेंट फॉर मल्टी-ओमिक्स एंड सिंगल-सेल प्रोफाइलिंग डेटा

पृष्ठभूमि: जीन सेट एनरिचमेंट विश्लेषण के माध्यम से जैविक पथ गतिविधि का निष्कर्ष लगाना नैदानिक और अन्य ओमिक्स डेटा की व्याख्या में बार-बार उपयोग किया जाता है। नए ओमिक्स प्रोफाइलिंग दृष्टिकोणों के प्रसार और उत्पन्न डेटा सेट के लगातार बढ़ते आकार के साथ, कई कॉन्ट्रास्ट में विश्लेषण करते समय जीन सेट एनरिचमेंट करने और दृश्यता प्रदान करने के लिए उपलब्ध उपकरणों की कमी है। परिणाम: इस मुद्दे को संबोधित करने के लिए, हमने mitch विकसित किया, जो मल्टी-कॉन्ट्रास्ट जीन सेट एनरिचमेंट विश्लेषण के लिए एक आर पैकेज है। यह एक रैंक-MANOVA सांख्यिकी दृष्टिकोण का उपयोग करता है ताकि उन जीन सेट्स की पहचान की जा सके जो कई कॉन्ट्रास्ट में संयुक्त एनरिचमेंट प्रदर्शित करते हैं। इसकी अनूठी दृश्यता सुविधाएँ 20 तक के कॉन्ट्रास्ट में एनरिचमेंट का अन्वेषण करने की अनुमति देती हैं। हम mitch के उपयोगिता को मल्टी-कॉन्ट्रास्ट आरएनए एक्सप्रेशन प्रोफाइलिंग, एकीकृत मल्टी-ओमिक्स, उपकरण मानककरण और सिंगल-सेल आरएनए अनुक्रमण के मामले के अध्ययन के साथ प्रदर्शित करते हैं। अनुकरण डेटा का उपयोग करते हुए हमने दिखाया कि mitch एकल-कॉन्ट्रास्ट एनरिचमेंट विश्लेषण के लिए उच्चतम स्तर के उपकरणों के समान सटीकता रखता है, और मल्टी-कॉन्ट्रास्ट एनरिचमेंट की पहचान में उच्च सटीकता प्रदान करता है। निष्कर्ष: mitch मल्टी-कॉन्ट्रास्ट ओमिक्स डेटा में जीन सेट एनरिचमेंट की तेजी से और सटीक पहचान और दृश्यता के लिए एक बहुपरकार का उपकरण है। Mitch Bioconductor से उपलब्ध है (https://bioconductor.org/packages/mitch)।