प्रोटीन समानता पहचान के लिए स्ट्रिंग संरेखण कर्नेल का उपयोग

सार प्रारंभिक प्रेरणा: प्रोटीन अनुक्रमों के बीच दूरस्थ समानता पहचान एक केंद्रीय समस्या है जो संगणकीय जीव विज्ञान में है। समर्थन वेक्टर मशीनों (SVMs) सहित भेदात्मक विधियाँ वर्तमान में स्ट्रक्चरल क्लासिफिकेशन ऑफ प्रोटीन (SCOP) डेटाबेस में सुपरफैमिली की पहचान के लिए सबसे प्रभावी विधियाँ हैं। SVMs का प्रदर्शन उन कर्नेल फ़ंक्शन पर निर्भर करता है जो अनुक्रमों के बीच समानता को मापने के लिए उपयोग किया जाता है। परिणाम: हम जैविक अनुक्रमों के लिए अनुकूलित नए कर्नेल का प्रस्ताव करते हैं, जिन्हें हम स्थानीय संरेखण कर्नेल कहते हैं। ये कर्नेल दो अनुक्रमों के बीच समानता को मापने के लिए अनुक्रमों के साथ अंतराल के स्थानीय संरेखण से प्राप्त स्कोर को जोड़ते हैं। SCOP सुपरफैमिलीज की पहचान की क्षमता पर एक बेंचमार्क डेटासेट पर SVM के साथ परीक्षण करने पर, नए कर्नेल दूरस्थ समानता पहचान के लिए अत्याधुनिक विधियों से बेहतर परिणाम देते हैं। उपलब्धता: सॉफ़्टवेयर और डेटा अनुरोध पर उपलब्ध हैं।