Drosophila melanogaster के लिए जीनोम-व्यापी प्रोटीन फंक्शन वर्गीकरण का मूल्यांकन

जीनों का कार्यात्मक वर्गीकरण जीनोम-व्यापी स्तर पर अब प्रारंभिक अवस्था में है, और हम मौजूदा विधियों का मूल्यांकन करने और त्रुटि के स्रोतों की पहचान करने का पहला प्रयास करते हैं। इस उद्देश्य के लिए, हमने दो स्वतंत्र प्रयासों की तुलना की जो प्रोटीन को कार्यों से जोड़ने के लिए किया गया था, एक FlyBase द्वारा कार्यान्वित और दूसरा PANTHER द्वारा Celera Genomics में। दोनों विधियां अनुक्रम समानता और उपलब्ध प्रायोगिक साक्ष्य पर आधारित अनुमान लगाती हैं। हालांकि, वे कार्यप्रणाली और प्रक्रिया में काफी भिन्न हैं। कुल मिलाकर, यह मानते हुए कि दोनों विधियों में प्रणालीगत त्रुटि अपेक्षाकृत कम है, हमने पाया कि FlyBase और PANTHER दोनों विधियों की प्रोटीन-से-कार्य संघ त्रुटि दर <2% है। दोनों विधियों के लिए प्रमुख त्रुटि का स्रोत सरल मानवीय त्रुटि प्रतीत होता है। यद्यपि होमोलॉजी-आधारित अनुमान निश्चित रूप से एनोटेशन में त्रुटियां पैदा कर सकता है, हमारा विश्लेषण बताता है कि ऐसी त्रुटियों की आवृत्ति सही अनुमानों की संख्या की तुलना में अपेक्षाकृत कम है। इसके अतिरिक्त, ये होमोलॉजी त्रुटियां सावधानीपूर्वक वृक्ष-आधारित अनुमान, जैसे कि PANTHER में कार्यान्वित, द्वारा न्यूनतम की जा सकती हैं। अक्सर, कार्यात्मक संघ बनाए जाते हैं एक विधि द्वारा और नहीं दूसरी द्वारा, जो संकेत करता है कि सबसे बड़ी चुनौतियों में से एक उपलब्ध ओन्टोलॉजी संघों की पूर्णता में सुधार करना है।