जटिल जैविक मिश्रणों के गुणात्मक प्रोटिओमिक विश्लेषणों की पुनरुत्पादिता मल्टीडायमेंशनल प्रोटीन पहचान प्रौद्योगिकी द्वारा

यदि गुणात्मक प्रोटिओमिक तकनीकों का जैविक समुदाय में व्यापक उपयोग होना है, तो प्रत्येक विधि की पुनरुत्पादिता की जांच और निर्धारण करना आवश्यक है। हमने मेटाबोलिक रूप से लेबल किए गए S. cerevisiae के जटिल गुणात्मक प्रोटिओमिक विश्लेषण की पुनरुत्पादिता का विश्लेषण किया है, जो मल्टीडायमेंशनल प्रोटीन पहचान प्रौद्योगिकी (MudPIT) के माध्यम से विश्लेषित किया गया था। S. cerevisiae की समृद्ध और न्यूनतम मीडिया में उगाई गई तीन स्वतंत्र सेल ग्रोथ और प्रत्येक के स्वतंत्र MudPIT विश्लेषण की तुलना और अंतर किया गया। गुणात्मक MudPIT को पेप्टाइड और प्रोटीन स्तर पर दोनों में अंतर- और अंतर-प्रायोगिक रूप से पुनरुत्पादक पाया गया। संभावित कम मात्रा वाले प्रोटीन को तीन स्वतंत्र नमूनों से एक समान पेप्टाइडों द्वारा पहचान, पहचान और मात्राबद्ध किया गया। इसके अतिरिक्त, जब कई पेप्टाइडों को एक प्रोटीन से मिलाया गया, तो प्रत्येक पेप्टाइड की सापेक्ष मात्रा तीन नमूनों के बीच में सहमत थी। पुनरुत्पादिता के बावजूद, प्रोटीन अभिव्यक्ति स्तरों के प्रायोगिक निर्धारण में त्रुटियाँ हुईं, लेकिन परिवर्तन के प्रभाव को प्रतिकृति प्रयोगों द्वारा न्यूनतम किया गया। अंततः, गुणात्मक MudPIT विश्लेषणों में को दिए गए विश्लेषण में प्रति प्रोटीन पेप्टाइड हिट की संख्या बढ़ाने से संभवतः सुधार किया जाएगा, जो अधिक अंतर-प्रायोगिक पुनरुत्पादिता प्रदान करेगा।