दिशात्मक माइलस्टोनिंग के साथ प्रतिक्रिया समन्वयों की पुनरव्याख्या और गणना

दिशात्मक माइलस्टोनिंग की विधि को पुनः देखा गया है। हम एक सटीक और अधिक सामान्य समीकरण से शुरू करते हैं और मेमोरी-लॉस अनुमान के शর্তों और वैधता को निर्दिष्ट करते हैं। दिशात्मक माइलस्टोनिंग डेटा से प्रतिक्रिया समन्वय की गणना के लिए एक एल्गोरिदम प्रस्तुत किया गया है। प्रतिक्रिया समन्वय को माइलस्टोन के बीच अधिकतम प्रवाह को अधिकतम करने वाले अस्थायी उन्नति के एक सेट के रूप में गणना की जाती है। एक अनुप्रयोग के रूप में, हम सॉल्वेटेड एडेनोसिन में रूपांतरित संक्रमण पर विचार करते हैं। हम एक लंबे आणविक गतिशीलता पथ की तुलना करते हैं और अधिकतम प्रवाह पथ और न्यूनतम ऊर्जा समन्वय के बीच के अंतरों पर चर्चा करते हैं।