वैकल्पिक वर्गीकरण और क्षैतिज जीन स्थानांतरण के बैक्टीरिया वर्गीकरण पर प्रभाव।

अनुमोदित सूचियों के प्रकाशन के बाद, वर्गीकरण के सभी बाद के संशोधनों को बिना सवाल उठाए, सुधारित नामकरण प्रदान करने के रूप में देखने की प्रवृत्ति रही है। यह इस तथ्य पर ध्यान नहीं देता कि ऐसे संशोधन तीन वैकल्पिक अवधारणाओं, फिनेटिक, फाइलोजेनेटिक या पॉलीफेजिक वर्गीकरण में से एक पर आधारित हो सकते हैं, जो कभी-कभी अलग, मान्य, लेकिन असंगत नामकरण की ओर ले जाते हैं, या कि कुछ जांचें केवल प्रासंगिक टैक्सा के उपसमुच्चयों और सीमित डेटा पर आधारित होती हैं, जो नामकरण के अधूरे और कभी-कभी भ्रामक संशोधनों की ओर ले जाती हैं। वर्गीकरण के लिए पॉलीफेजिक दृष्टिकोण का व्यापक समर्थन है, हालांकि ऐसा प्रतीत होता है कि 16S rDNA के तुलनात्मक अनुक्रम विश्लेषणों को अन्य डेटा के संकेतों के विपरीत वर्गीकरण निर्धारित करने की अनुमति देने की प्रवृत्ति है। कुछ मामलों में, वर्गीकरण केवल 16S rDNA डेटा पर आधारित होता है। उदाहरणों पर विचार किया जाता है। यह विचार किया गया है कि उन मानदंडों पर विचार किया जाए जिनके द्वारा टैक्सा को परिभाषित किया जाता है, विशेषकर जीनस और प्रजाति के स्तर पर। यह सुझाव दिया गया है कि इन स्तरों पर टैक्सा को परिभाषित करने के लिए अपनाए गए मानदंडों के सामंजस्य की आवश्यकता है। हाल की अध्ययन जो क्षैतिज जीन स्थानांतरण की व्यापक घटनाओं को दर्शाते हैं, यह सुझाव देते हैं कि एकल अनुक्रमों के विश्लेषण पर आधारित होने पर मोनोफाइलेटिक व्याख्याओं में सतर्कता की आवश्यकता है।