प्रोटीन-लिगैंड इंटरैक्शन की भविष्यवाणियों को मान्य करने के लिए एक नया परीक्षण सेट

हम प्रोटीन-लिगैंड इंटरैक्शनों की भविष्यवाणी पर निर्भर करने वाले एल्गोरिदम को मान्य करने के लिए प्रोटीन-लिगैंड जटिलताओं का एक बड़ा परीक्षण सेट प्रस्तुत करते हैं। यह सेट 305 जटिलताओं से बना है जिनमें प्रोटोनशन स्टेट्स को मैन्युअल निरीक्षण द्वारा सौंपा गया है। इस सेट में अनुपयुक्त प्रविष्टियों की पहचान के लिए निम्नलिखित जांच की गई हैं: (1) लिगैंड बाइंडिंग में क्रिस्टलोग्राफिक रूप से संबंधित प्रोटीन इकाइयों की भागीदारी का आकलन करना; (2) प्रोटीन साइड चेन और लिगैंड के बीच खराब टकराव की पहचान करना; और (3) संरचनात्मक त्रुटियों का आकलन और/या क्रिस्टल संरचना इलेक्ट्रॉन घनत्व के साथ लिगैंड के स्थान की असंगति। इसके अतिरिक्त, सेट को प्रोटीन-लिगैंड संरचनाओं के संदर्भ में विविधता सुनिश्चित करने के लिए छांटा गया है, और विभिन्न प्रोटीन-संरचना समाधान रेंज के लिए उप-सेट प्रदान किए गए हैं। प्रोटीन प्रकार के अनुसार सेट का वर्गीकरण उपलब्ध है। एक उदाहरण के रूप में, GOLD और SuperStar के लिए मान्यता परिणाम दिखाए गए हैं। GOLD एक ऐसा कार्यक्रम है जो लचीला प्रोटीन-लिगैंड डॉकिंग करता है, और SuperStar प्रोटीन में अनुकूल इंटरैक्शन स्थलों की भविष्यवाणी के लिए उपयोग किया जाता है। नया CCDC/Astex परीक्षण सेट वैज्ञानिक समुदाय के लिए स्वतंत्र रूप से उपलब्ध है (http://www.ccdc.cam.ac.uk)।