स्प्लाइस साइटों के चारों ओर न्यूक्लियोसोम का संगठन

क्रोमोसोम के साथ न्यूक्लियोसोम का अधिभोग जीन नियमन के लिए एक महत्वपूर्ण कारक है। हालाँकि, प्रमोटर क्षेत्रों को छोड़कर, स्तनधारी जीनोम में न्यूक्लियोसोम संगठन की जीनोम-व्यापी विशेषताएँ और कार्य स्पष्ट नहीं हैं। विविधता के वृद्धिशील मॉडल का उपयोग करते हुए जो माइक्रोएरे डेटा से प्रशिक्षित किया गया था, न्यूक्लियोसोम अधिभोग स्कोर (NOScore) को परिभाषित किया गया और इसे मानव जीनोम में सामान्य, कैसेट एक्सोन, वैकल्पिक 3' और 5' स्प्लाइसिंग घटनाओं के स्प्लाइस जंक्शन क्षेत्रों पर लागू किया गया। हमने NOScore और RNA स्प्लाइसिंग के बीच एक दिलचस्प संबंध पाया: एक्सोन क्षेत्रों में उनके फ्लैंकिंग इंट्रोन अनुक्रमों की तुलना में उच्च NOScores होते हैं, जो दोनों सामान्य और वैकल्पिक स्प्लाइसिंग घटनाओं में एक्सोन क्षेत्रों की मजबूत न्यूक्लियोसोम अधिभोग क्षमता को दर्शाता है। इसके अलावा, सभी स्प्लाइसिंग घटनाओं में स्वीकर्ता साइट के लगभग 25 bp ऊपर NOScore घाटियाँ मौजूद हैं। RNA संरचनात्मक लचीलापन को वर्णित करने के लिए फ़ोल्डिंग विविधता-से-ऊर्जा अनुपात को परिभाषित करते हुए, हमने प्रदर्शित किया कि न्यूक्लियोसोम अधिभोग क्षेत्रों से प्रारंभिक RNA प्रतिलेख अपेक्षाकृत कठोर हैं और न्यूक्लियोसोम निर्जन क्षेत्रों से अपेक्षाकृत लचीले हैं। न्यूक्लियोसोम के अधिभोग/निष्कर्षण और स्प्लाइस जंक्शनों के चारों ओर इसकी प्रारंभिक प्रतिलेख की संरचनात्मक लचीलापन/कठोरता के बीच नकारात्मक संबंध न्यूक्लियोसोम संगठन की RNA स्प्लाइसिंग के नियमन में अप्रत्याशित भूमिका के गहन समझ के लिए संकेत प्रदान कर सकता है।