प्रोफ़ाइल-प्रोफ़ाइल तुलना के लिए संभाव्य स्कोरिंग माप अधिक सटीक लघु बीज संरेखण उत्पन्न करते हैं

प्रेरणा: प्रोटीन अनुक्रमों की तुलना के लिए शक्तिशाली स्वचालित विधियों का विकास increasingly महत्वपूर्ण हो गया है। प्रोफ़ाइल-से-प्रोफ़ाइल तुलना प्रोटीन परिवारों के बारे में व्यापक जानकारी के उपयोग की अनुमति देती है, जो दूर से संबंधित अनुक्रमों की अधिक संवेदनशील और सटीक तुलना का परिणाम है। दो प्रोफ़ाइलों की तुलना में एक कुंजी भाग इस बात का तरीका है कि स्कोर कैसे मिलान किए जाएं। विभिन्न सिद्धांतिक विचारों पर आधारित कई विधियों का प्रस्ताव किया गया है। हमने कई पूर्व रिपोर्ट की गई स्कोरिंग फ़ंक्शनों के साथ-साथ अपनी फ़ंक्शनों को लागू किया, और उन्हें एक निर्धारित लंबाई के लघु बिना गैप वाले संरेखण बनाने की क्षमता के आधार पर तुलना की। परिणाम: हमारे परिणाम सुझाव देते हैं कि संभाव्य विधियों (लॉग-ऑड्स आधारित विधियाँ और प्रोफ़िम) का परिवार स्थानीय प्रोफ़ाइल-प्रोफ़ाइल संरेखण उत्पन्न करने के पहले कदम के रूप में शुरुआती 'बीज' जनरेट करने के लिए अधिक उपयुक्त विकल्प हो सकता है। सबसे प्रभावी स्कोरिंग सिस्टम वे थे जो COMPASS और Picasso विधियों में पहले लागू फ़ंक्शनों के निकटता से संबंधित संशोधन थे।