स्तन ट्यूमर में DNA माइक्रोएरे विधि द्वारा p53 म्यूटेशन विश्लेषण

p53 जीन सामान्य कोशिकाओं में कोशिका वृद्धि और DNA मरम्मत का नियंत्रक होता है; इस जीन की निष्क्रियता कैंसर का कारण लगती है। यह मानव कैंसर में सबसे सामान्य रूप से म्यूटेटेड जीन है, और कैंसर महामारी विज्ञान अध्ययनों के लिए बड़े नमूने सेट का उपयोग करते हुए उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण विधि की आवश्यकता होती है। हमारे जनसंख्या-आधारित केस-कंट्रोल अध्ययन में, p53 जीन को वेस्टर्न न्यूयॉर्क के सात अस्पतालों से 392 विषयों के लिए PCR द्वारा बढ़ाया गया, जिसमें Affymetrix GeneChip तकनीक का उपयोग किया गया। एक सौ अठतीस (35%) स्तन ट्यूमर में p53 म्यूटेशन थे, जिनमें से 88% एक्सोन 5 से 8 में स्थित थे। कोडन 179, 195, 196, 213, 217, 249, 254, 278, 281, और 298 पर नए हॉटस्पॉट की पहचान की गई, और पहले रिपोर्ट किए गए हॉटस्पॉट कोडन 175, 248, और 273 पर पाए गए। Affymetrix परीक्षण को मान्य करने के लिए p53 जीन के एक्सोन 5 से 9 के लिए 139 ट्यूमरों का मैनुअल अनुक्रमण किया गया। इन दो विधियों में Affymetrix परीक्षण द्वारा पता की जा सकने वाली म्यूटेशनों के लिए 100% सहसंबंध था। हमने 1958 से पाराफ़िन-एंबेडेड स्तन और फेफड़ों के ट्यूमरों का सफलतापूर्वक परीक्षण किया और कमजोर PCR वृद्धि में सुधार के लिए एक नेस्टेड PCR रणनीति अपनाई। सांख्यिकीय शक्ति प्राप्त करने के लिए, जीन पर्यावरण इंटरैक्शनों और कैंसर का अध्ययन करने के लिए ट्यूमर विश्लेषण की एक बड़ी संख्या की आवश्यकता है, जो अक्सर कई स्रोतों से आर्काइव की गई ऊतकों से उपलब्ध होती हैं। हमने इन चुनौतीपूर्ण परिस्थितियों में Affymetrix GeneChip विधि की उपयोगिता को दिखाया है और जनसंख्या-आधारित अध्ययन में स्तन कैंसर के म्यूटेशनल स्पेक्ट्रा के लिए नए डेटा प्रदान किए हैं.